Особый агент Фокс Малдер, переживает кому, предпосылкой которой стала неожиданно появившаяся аномальная мозговая активность, в то время как его напарник Дана Скалли всеми мощами пробует разгадать тайну этого страшного недуга. Сама Скалли оказывается обманутой Курильщиком в поиске лекарства от рака, а Малдер внезапно открывает терзавшую всю его жизнь тайну похищения сестры. Спустя семь лет агенты ворачиваются на место собственного первого расследования, где Малдера внезапно воруют инопланетяне.